La Lagoa do Negro se situe dans la paroisse des Altares, dans la municipalité d’Angra do Heroísmo, sur l’île Terceira, aux Açores.
Située dans la zone de coulée de lave du volcan qui a donné naissance à la chaîne de montagnes de Santa Bárbara, elle fait partie de l’habitat des eaux oligomesotrophes de la région médiomontagnarde et péréalpine, avec une végétation aquatique comprenant des espèces telles que « Littorela uniflora » et « Isoëtes azorica ».
Cette lagune est de petites dimensions et son nom remonte aux premiers peuplements de l’île, se perdant dans l’histoire. Elle est entourée d’un côté par une dense forêt de cryptomérias et, de l’autre côté, elle a en arrière-plan l’imposante chaîne de montagnes de Santa Bárbara, avec le Pico Gaspar à ses côtés.
Sous la surface de la lagune se développe la grotte de Natal, composée de tubes de lave, témoignant des anciennes éruptions du volcan de la chaîne de montagnes de Santa Barbara.