A Lagoa do Negro liegt in der Gemeinde Altares im Kreis Angra do Heroísmo auf der Insel Terceira auf den Azoren.
Sie befindet sich im Lavastromgebiet des Vulkans, der das Santa-Bárbara-Gebirge entstehen ließ, und ist Teil des Habitats der oligomesotrophen Gewässer der mitteleuropäischen und perialpinen Region mit einer Wasservegetation, die Arten wie „Littorela uniflora“ und „Isoëtes azorica“ umfasst.
Der See ist klein und sein Name geht auf die Anfänge der Besiedlung der Insel zurück, verliert sich jedoch in der Geschichte. Er ist auf einer Seite von einem dichten Wald aus Cryptomerien umgeben, während auf der anderen Seite das imposante Santa-Bárbara-Gebirge mit dem Pico Gaspar im Hintergrund thront.
Unter der Oberfläche des Sees erstreckt sich die Höhle von Natal, die aus Lavaröhren besteht und von den alten Ausbrüchen des Vulkans des Santa-Bárbara-Gebirges zeugt.